A declaração do estado de emergência admite o recurso aos militares para apoiar as autoridades civis e forças de segurança no período de exceção, durante o qual funciona em permanência o Conselho Superior de Defesa Nacional.
O estado de emergência, que nunca vigorou em Portugal, é declarado pelo Presidente da República mediante autorização do parlamento e ouvido o Governo, perante “calamidade pública” e vigora por quinze dias que podem ser renovados.
O Presidente da República convocou para quarta-feira uma reunião do Conselho de Estado, por videoconferência, para debater a "eventual decisão de decretar o estado de emergência" em Portugal devido à pandemia de Covid-19.
A ser decretado, será a própria declaração a ter de determinar o “grau de reforço dos poderes das autoridades administrativas e civis e de apoio às mesmas pelas Forças Armadas, sendo caso disso”, prevê o regime do estado de sítio e do estado de emergência.
Depois, o Conselho Superior de Defesa Nacional (CSDN) deve emitir parecer sobre “as condições de emprego das Forças Armadas” durante o período de vigência do estado de emergência e se tal vier a ser requerido, prevê a Lei de Defesa Nacional.
O órgão de consulta do Presidente da República para os assuntos da defesa nacional e Forças Armadas funcionará, no caso de declaração do estado de emergência em todo o território nacional, “em sessão permanente”.
O CSDN “considera-se permanentemente reunido”, o que permite agilizar, por exemplo, a marcação de reuniões, sublinhou à Lusa o general Valença Pinto, ex-Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas e também do Exército.
Ao contrário do que ocorre no estado de sítio, em que as Forças Armadas “assumem o comando das forças de segurança”, a declaração do estado de emergência não confere às Forças Armadas “um papel próprio”, frisou Valença Pinto.
“No caso do estado de emergência o que se cria são mecanismos para, em situação que justificar, facilitar o apoio das Forças Armadas às autoridades administrativas”, disse Valença Pinto, lembrando que foi assinado há poucas semanas um protocolo para operacionalizar a cooperação entre as forças e serviços de segurança e as Forças Armadas.
O protocolo, assinado em 28 de fevereiro na residência oficial do primeiro-ministro, define conceitos como direção operacional, interoperabilidade, operações planeadas e incidente de segurança e incidente tático-policial grave, define regras de atuação e empenhamento, indicando que "o emprego das Forças Armadas no apoio às forças e serviços de segurança (FSS), sem prejuízo da sua autonomia técnica e tática, deve respeitar as regras de atuação e empenhamento pelas quais as FSS se regem".
O documento prevê que a cooperação deve obedecer a uma sequência de fases de articulação entre as Forças Armadas e as Forças e Serviços de Segurança, determinando que cabe à Secretária-geral do Sistema de Segurança Interna formalizar o pedido de apoio junto do Chefe de Estado-Maior-General das Forças Armadas, e que, uma vez autorizado o pedido, é designado um elemento de ligação junto da força responsável pela Operação Planeada ou Incidente de Segurança.
A cooperação entre forças armadas e forças e serviços de segurança já ocorre em vários domínios, a pedido das autoridades civis como por exemplo a Proteção Civil, para apoio ao combate aos incêndios no verão.
Em 2008, a Lei de Segurança Interna estabeleceu que caberia aos responsáveis pelo Sistema de Segurança Interna e pelo Estado-Maior-General das Forças Armadas assegurarem entre si a “articulação operacional”.