"Reconhecido médico oncologista" do IPO, onde desenvolveu toda a sua carreira hospitalar, João Freire exercia as funções de diretor clínico desde 2018.

 João Freire integrava ainda a Comissão de Farmácia e Terapêutica do IPO Lisboa e exercia funções de perito em várias organizações nacionais e estrangeiras, desde o Infarmed (Autoridade Nacional do Medicamento e Produtos de Saúde) à Agência Europeia do Medicamento (EMA), passando pelo grupo de investigação em cancro digestivo da European Organisation for Research and Treatment of Cancer e pelo Centro Integrado de Cuidados Paliativos e Oncologia da Sociedade Europeia de Oncologia Médica (ESMO). 

Na notícia publicada na página oficial do IPO Lisboa, o conselho de administração assegura "o normal funcionamento do Instituto nos cuidados assistenciais e na gestão da crise da infeção covid-19, de acordo com as medidas de contenção que têm vindo a ser implementadas".

Também o Infarmed publicou uma nota de pesar, na sua página oficial, em que descreve João Freire como uma "peça chave na avaliação de medicamentos" e um "profissional dedicado, empenhado, de uma enorme cultura científica, clínica, de um rigor e sempre disponível".